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1973年6月、ベトナム戦争のさなか、あるアメリカ兵が突如、同じ分隊の兵士たちに自動小銃を発砲するという事件が起こる。このアメリカ兵は粗悪な麻薬の摂取によって精神障害を発症したと思われたが、仲間の兵士（マックス・ロボ）に取り押さえられた時、「バナナ・フィッシュ」という謎の言葉をつぶやいた。
その12年後、ニューヨーク市のストリートギャングのボス、アッシュ・リンクスは、手下に殺された見知らぬ男がいまわの際に「バナナ・フィッシュ」という単語を口走ったことに疑念を抱き、事件の背景を探り始める。実はかつてベトナムで仲間を襲ったアメリカ兵はアッシュの兄であった。
その頃、日本からはフリーカメラマンの伊部が助手の奥村英二を伴い、ストリート・ギャングの取材の為にニューヨーク市を訪れていた。やがてアッシュ、ロボ、伊部らは「バナナ・フィッシュ」の謎を追ううちに、コルシカ系の財団とCIA、そしてタカ派の連邦上院議員の間で秘密裏に進められていた恐るべき化学兵器開発プロジェクトの存在を知ることになる。ストリート・ギャングの抗争と連邦政府内部の陰謀、さらにコルシカ人財団や香港系の華僑の内紛などが複雑に絡み合い、事態は予想を超えた展開を見せる。
（出典：Wikipedia）