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上流階級家庭の子供らが集まる桜蘭高校特待生1年の藤岡ハルヒは、勉強ができる静かな場所を求めて第三音楽室に辿り着く。しかしそこは「暇をもて余す美少年が、同じく暇をもて余す女生徒をもてなし潤す」ホスト部なる集団が営業していた。

不注意から校内オークションに出展予定だった「ルネ」の花瓶を割ってしまったハルヒは、弁償金800万円の完済まで部の「犬（雑用係）」となるが、眼鏡を外した素顔が美形だった事から接客係に格上げとなる。そして部長・須王環に借金帳消しの条件として、100人（後に1000人追加）の指名客を集めるノルマを課せられ、ホスト部員としての第一歩を踏み出すが、一つだけ問題が...ハルヒは「女の子」だったのである。

かくしてホスト部隠れ紅一点のハルヒと、それを知った部員達との関係と思惑は、様々な出来事を経て次第に変化していくのだった