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ハンター試験
No.001 - No.037（単行本1巻 - 5巻）
主人公のゴンは幼少期、父親ジンの弟子のカイトに助けられる。ジンやハンターについてカイトから聞いたゴンはハンターに憧れ、12歳となった年にハンター試験を受験するため試験会場に向かう。
会場に向かう船上で、ゴンは同じくハンター志望のクラピカとレオリオに出会う。3人はハンターを目指す仲間として、共に試験合格を目指す。試験会場で同い年のキルア＝ゾルディックも仲間に加わり、4人は共に試験に合格していき、最終試験へ。そして、キルア＝ゾルディック以外の3人は最終試験を見事突破した。

ククルーマウンテン
No.038 - No.043（単行本5巻）
ハンター試験後、自宅に戻ったキルアに会うため、ゴンたち3人はキルアの実家があるククルーマウンテンに向かう。門から屋敷までのいくつかの難関を突破した3人はキルアと再会。

天空闘技場
No.044 - No.063（単行本5巻 - 7巻）
ゴンとキルアは修行と小遣い稼ぎを兼ねて天空闘技場に挑戦。そこでズシという少年と彼の師匠ウイングに出会う。因縁の敵であるヒソカとの再会後、2人はウイングから念能力を教わり、念の修行に励む。

くじら島への里帰り
No.064 - No.069（単行本8巻）
ゴンはキルアと共に故郷くじら島に戻り、束の間の休日を過ごす。そこで、ジンを探す手がかりと思われる「グリードアイランド」というハンター専用ゲームの存在を知る。

ヨークシンシティ（幻影旅団編）
No.070 - No.120（単行本8巻 - 13巻）
「グリードアイランド」がオークションに出品されると知り、ゴンとキルアはヨークシンシティへ行く。破格の値段が予想されるグリードアイランドを落札するため、様々な方法で金稼ぎを試みるが失敗。一方、クラピカは幻影旅団の情報を得るため、ノストラードファミリーに入った。
ゴン、キルア、レオリオは、旅団を捕まえるためクラピカに協力する。ゴンとキルアが旅団に人質にされるが、幻影旅団の団長を捕縛することには成功した。

グリードアイランド
No.120 - No.185（単行本13巻 - 18巻）
ゴンとキルアは選考会で認められ、ゲーム参加に成功。
ゲーム内では、第2の師匠、ビスケのもとで念の修行を重ね、ゲームマスター・レイザー、大量殺人鬼の爆弾魔（ボマー）との戦いなどを経験して2人は一段と成長していく。

キメラアント（NGL編）
No.186 - No.198（単行本18巻 - 19巻）
グリードアイランドのクリア賞品として得たゲーム内の呪文カードを使用してジンに会おうとするも、なぜかカイトのもとへたどり着く[単行本19巻参照]。カイトたちの仕事に協力する中でキメラアントという生物の存在を知り、一行はNGLへ。そのころキメラアントの女王は兵隊蟻を使って人間を襲い、着実に勢力を拡大していた。

キメラアント（王誕生編）
No.199 - （単行本19巻 - ）
ゴンとキルアはキメラアントの強さに圧倒され、カイトの犠牲によってNGLを脱出する。代わりに討伐隊としてやってきたネテロ会長らの奮戦も及ばず、キメラアントの王は産まれてしまう。王は直属護衛隊と一部の兵隊蟻を引き連れて東ゴルドー共和国を支配し、国民の選別を行う。被害拡大を防ぎ、カイトを救うため、ゴン達は王に戦いを挑む。
（出典：Wikipedia）