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第一章 宮本武蔵編
1600年、新免武蔵（しんめんたけぞう）は幼なじみ本位田又八に誘われ、立身出世を望んで故郷の村（作州・吉野郷宮本村）を出たが、関ヶ原の戦に敗れた。幼いころから、母の愛情も知らず、父には命を狙われ、村人には鬼の子として忌み嫌われ、ただ殺し殺される人生に生きる意味を見出せずにいたが、沢庵に自分の存在を認めてもらい、少年時代から心の救いとなってきたおつうの存在もあり再び剣の道に生きる志を立て、名乗りを「宮本武蔵」に改め、天下無双を目指し流浪の旅に出る。
4年後京へ上ったのきっかけに武蔵は、数々の強敵との死闘や様々な人物との出会いの中で、悩み迷い苦しみながらもひたすらに天下無双を目指し成長していく。一方、武蔵を裏切ってしまった又八は、その後も己の心に流されながらもどん底で足掻きつづける。
単行本1～13巻。

第二章 佐々木小次郎編
時は関ヶ原の戦いから17年前へとさかのぼる。
越前の片隅で生きる気力を無くし暮らすかつての剣豪・鐘巻自斎に長刀と共に拾われた赤ん坊佐々木小次郎。耳が聞こえず言葉を持たない小次郎は、剣によってのみ人との絆をつくり、最強への道を駆け上がっていく。第一章開始以前の武蔵や伝七郎らも登場する、 単行本14～20巻。

第三章 吉岡一門編
武蔵・又八・小次郎、共に22歳となる1604年暮れから1605年正月の京に舞台は移る。三人はそれぞれに接触し物語は動いていく。 武蔵はかつて挑んだ吉岡一門に再び挑み、長く辛い殺し合いの螺旋の中に入っていく。 単行本21巻から。
（出典：Wikipedia）