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序幕
万次と凛が出会う数年前。「百人斬り」万次は、八百比丘尼によって与えられた不死の肉体を持て余しながら、気の触れた妹・町と生活していた。しかし、序仁魚仏を殺害したことから「新鮮組」四道菱安の恨みを買い、妹を拉致されてしまう。自分の不甲斐なさから目の前で妹を殺された万次は、その場で新鮮組を壊滅させ、「悪党を千人斬る」ことを誓う。（第1巻）

第一幕〜第二十幕
国中の剣という剣を滅ぼし、あらゆる流派を統一せんとする剣客集団、逸刀流。彼らに両親を奪われた少女・浅野凛。復讐を誓いながらも、己の剣技が逸刀流には遠く及ばぬことを八百比丘尼に諭された凛は、「最強の用心棒を雇え」という助言のままに万次と出会う。凛に妹の面影を見た万次は用心棒を引き受け、黒衣鯖人・凶戴斗・閑馬永空・乙橘槇絵・川上新夜ら逸刀流剣士たちと血みどろの戦いを繰り広げることとなる。（第1巻 - 第5巻）

第二十一幕〜第三十一幕
幕府の役人・吐鉤群の訪問を受けた逸刀流統主・天津影久は、逸刀流を幕府の指南役とすることを承諾する。同じ頃、各地で逸刀流の剣士が謎の集団・無骸流に襲撃されるという事件が起きていた。そんな折、万次と凛の元に無骸流の剣士・尸良が訪れ、加賀へ向かう天津影久を協力して討とうと持ちかける。（第5巻 - 第6巻）

第三十二幕〜第四十五幕
加賀へ向かう天津を待ち伏せる作戦は、敵の替え玉により失敗、さらに尸良の暴走により仲間割れという結果に終わる。しかし無骸流・百琳の言葉に感化された凛は、万次を置いて単身で天津影久を追ってしまう。天津を追う凛、さらにそれを追う万次は、それぞれ通行手形の入手に苦労しながら加賀の地を目指す。（第7巻 - 第8巻）