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2000年に南極に大質量隕石が落下し、人類は総人口の半数近くを失った。 このセカンドインパクトといわれる大災害でから15年、人類は使徒と呼ばれる新たな脅威にさらされた。

使徒とは、正体が全く謎に包まれた巨大戦闘兵器群で、人類に対して攻撃を仕掛けてくる。

「使徒」の襲来に対抗するべく人類は汎用人形決戦兵器、「エヴァンゲリオン」を極秘裏に開発していた。そして「エヴァ」のパイロットに選ばれたのは、わずか14歳の少年・少女たち３人であった。

主人公である「碇シンジ」は、とてもおとなしく内向的な少年であるが、父親であり、ネルフの総司令である「碇ゲンドウ」によって、エヴァンゲリオン初号機のパイロットに突如として任命される。 人類の存亡という大きすぎる運命を担った少年たちの戦いが今、始まる。